北廠漕倉遺址
清馮翥《德州鄉土志》德州兩衛軍屯圖
民國時期濟南府德州后一屯的屯田契尾
明清兩代，德州是南北漕運主動脈的必經之地，中央、省和濟南府長期在德州設置職能部門，負責漕糧的征、管、運等事務，各部門各司其職，相互銜接，構成了完整的管理體系。
明清兩代，德州衛軍負責漕糧運輸和安保工作
十二連營出土的銅火銃
明清兩代，德州的漕運一直由德州衛軍承擔，歸納起來，大體有四種方式。
“支運”。各地漕糧，先由當地民戶運至指定的糧倉。然后，再由各地官軍分段遞運至京。因為各地官軍運糧時，先要從各倉支出再運，所以叫“支運”。
“兌運”。民糧兌與軍隊運輸的意思。漕糧民運至較近的港口，交兌給漕軍，由漕軍運抵通州，它奠定了明代漕運制度的基礎。
“長運”。全部漕糧由官軍長運至京。明成化十一年（1475），改革完成。至此，漕糧基本上全由官軍長運，有明一代的漕運方式終成定制。
“官收官兌”。這是清代漕運的基本方式，由官府全程承辦。先向民戶征收漕糧，再招募人員運達港口，然后交給運軍漕運。
為保證漕運及倉儲安全，明代政府把九省河道所經過的地方，設43衛另16所，武裝保衛漕運暢通。德州衛的設立是從明洪武元年（1368）開始的，當時常遇春攻克德州，立守御千戶所。洪武九年（1376），設立德州衛，是為正衛。德州正衛7所計56屯（村）。主要任務是守城、治城、管河、護漕、護倉、運船等。這樣一個沒有州民的衛城，這樣一種建制，顯然不是為商業發展準備的。
洪武三十年（1397），運河裁彎取直，并在所截河灣東岸筑衛城，用來駐扎衛軍。明建文元年（1399），剛剛做了皇帝的明太祖朱元璋之孫朱允炆決定削藩，而燕王朱棣是其提防與整治的重點，他派都督韓觀練兵德州，以控制北京。同年七月，燕王朱棣以“清君側、扶國家”為號起兵，自此長達近4年的靖難之役拉開了序幕。
為護衛北廠倉儲，韓觀以北廠為中心，筑十二連城進行保護，因為這些城實際上都是兵營，老百姓俗稱“十二連營”。十二連營北起今哨馬營，南至北營和張莊，西依京杭大運河，東抵長莊村王家道口，南北長約5公里，東西寬約2.5公里。
永樂五年（1407）又置德州左衛。左衛6所計55屯（村），共計110屯（村）。至此，兩衛共有11200人。這些軍屯分布在運河兩岸。德州衛擁有正幫船52只，左幫船24只，共有漕船76只，擔負著漕運任務。當時在官道的渡河處，用船只搭浮橋一座，通行車馬。南北來往的船只，集中在一個時間開船，到時把浮橋船只拆出兩三只，船過以后即行合攏。大運河里，運糧的漕船、進京出京的官船、客船、貨船都要在德州停泊。
此時的德州，漕運、商業呈現兩旺景象，于是明正德十年（1515），朝廷在城內西北角設立了漕運公館，專門辦理漕運及搭運商貨等事情。
到了清代，朝廷對明代衛所多數予以裁撤，有漕運的地方予以保留，德州衛和德州左衛得以沿存，但也發生了很大變化。清代德州衛和德州左衛對明代原衛所軍屯除了征收賦稅外，已無原來上下級之間軍事上的關系，主要任務是分段護理大運河河道，保護堤埝，承擔漕運，接送銀鞘。
康熙年間，朝廷對各級軍官設置與名稱做了調整，衛之長官叫守備，初正四品，后為正五品。下設千總，正六品，分別為管河千總、領幫運千總和押空千總。清代衛所的漕船編成幫，每幫設領幫運千總2人，分年輪流領德州幫。押空千總則負責押空船限期返程。空船回來的快慢直接關系到下一次漕糧運輸，所以清政府規定了嚴格的回程期限。康熙二十七年（1688），德州左衛撤銷，歸并到德州衛，稱為德左二衛。光緒二十八年（1902），德左二衛撤銷，運軍也撤銷了，兩衛的土地、人員轉入當地州縣政府管理。
中央直屬的監管部門設在北廠
北廠與運河一堤之隔，十二連營就綿延守護在這里
城外的腳行
北廠本無名，為運河邊上荒蕪之地。
公元1129年，金政府在德州城西北方、運河岸邊設立漕運倉儲“將陵倉”，大批皇糧在這里裝卸，碼頭很快發展成為村鎮。到了元朝，政府在這里設立“陵州倉”。發展到明朝，政府罷海運入漕河，這里設“廣積倉”，也叫德州倉，收貯山東、河南兩省的漕糧，一部分漕糧運至京都，一部分留貯供軍餉調出，并預備遭遇災荒年時補足京都常額，為全國四大倉之一，其余三倉分別在淮安、徐州和臨清。在德州習俗中，有空場地可存放糧食及貨物的棧房稱為廠，加上該地在德州城北三里左右，遂有北廠之名。
為管好廣積倉，永樂十三年（1415），明政府在這里設立了德州倉戶部監督分司，它的設立與德州倉建設是同時進行的。該部門直屬中央戶部，負責人由北京統一派遣，一年一換。與此同時，濟南府也在德州倉附近設立了濟南府兌糧公館，所轄30多個州縣都到德州交糧，人流如織，陣容龐大，此時的北廠，一片繁華景象。
河道內，滿載糧食的漕船、南貨北運的商船、竹篷瓦蓋的客船、裝飾華麗的官船，連接如織，銜尾相隨。無數道跳板將船與碼頭銜接起來，裝卸漕糧及其他貨物的勞動號子，此起彼伏；肩抬人扛的腳夫來來往往、川流不息。
陸上，北廠分為西南街和東北街。西南街以東，東北街以南，是一片寬闊的倉廒區。附近州府縣的農戶，趕著驢、牛車，推著獨輪車，滿載糧包來到德州倉口，交收運官員驗收。車馬行人密密匝匝，萬頭攢動，好像一個龐大的糧食集場。
街上熙熙攘攘商賈云集，戲樓、茶館、店鋪、鹽廠、酒肆鱗次櫛比，物品琳瑯滿目、品種俱全。各種身份的人都能找到適合自己的消費場所。進飯館打尖用飯的交糧農、裝卸車船的腳夫、衙門差役兵卒、小商小販、過往的行人，花錢了了，經濟實惠。進出那些大飯莊的，就不是一般的平民百姓了。有升、遷、調、補的過往官員，南北的富商大賈，考取功名的文人學士，游山玩水的豪紳名流、公子闊少等。
戶部監督分司一直存在到清康熙四年（1665），改由萊州府通判接替管理。康熙十八年，山東督糧道在德州設立，取代了萊州府管理德州倉，整個山東有漕糧任務的府州縣相關事宜也歸其管理，這種情況一直持續到光緒三十一年山東督糧道撤銷。
與戶部監督分司同時存在的戶部監兌分司，成立于1493年，在城內州治的東南方向，主要協調交漕糧的地方官府、民戶與運漕糧的衛軍之間的關系，明萬歷年間撤銷。
運河上的鈔關
南運河德州段標志碑
德州鈔關隸屬于臨清運河鈔關
鈔關，就是稅關。明清政府曾在運河邊重要城市設置課稅之地，名為鈔關，是因為它與當時流通的大明寶鈔密切相關。據《明史》載：公元1429年，“以鈔法不通，由商居貨不稅。由是于京省商賈湊集地市鎮店肆門攤稅課……悉令納鈔”，鈔關之名由此而生。成化以后，鈔關開始折收銀兩，后雖幾經變化，但這一名稱始終未變。清沿明制，但將原有鈔關改稱常關，因常關隸屬戶部管轄，亦稱戶關。
明代實行禁海政策，京杭大運河不僅是漕糧命脈，更是南北商品流通的主干道。全國八大鈔關有七個設在運河沿線，由北至南依次為：崇文門（北京）、河西務（清代移至天津）、臨清、淮安、揚州、滸墅（蘇州城北）、北新（杭州）。其中臨清、北新兩關征收船料與貨稅，其他各關只征收船料。至萬歷年間，運河七關商稅共計31萬余兩，天啟年間增為42萬余兩，約占八大鈔關稅收總額的90%左右。康熙二十年（1684），三藩平定，臺灣收復，廢除海禁，南北商品流通格局為之一變。京杭運河七大鈔關的稅收從清初的50%降至嘉慶年間的30%左右。咸豐五年（1855），因黃河北徙，截流汶水，運道梗塞，河運停止了10多年，鈔關稅收受到很大影響。至清光緒二十七年（1901）運河漕運停止，運河鈔關署治逐漸廢止。
德州運河上的鈔關隸屬臨清，距正關旱路180里，水路330里，查收正關以北由水路到德州的一切貨稅。明朝時期，設在北廠街，清初移到橋口街附近。乾隆六年（1741）二月，曾對鈔關所設分關口岸進行檢查。經查，德州、魏家灣、尖莊、樊村廠4處皆系“相沿已久，并非近日增添，自應照舊設立，奉部覆準”，其他予以撤除。并規定今后所有分關口岸的設立，都要報戶部審批備案，凡有私設，則為非法。萬歷六年（1478），臨清關歲征83200兩，居八大鈔關之首。而山東一省稅課折銀只8860兩，僅及臨清鈔關的十分之一稍多。