近日,德州學院山東省生物物理重點實驗室王吉華教授帶領團隊,在國際頂級期刊《核酸研究》(Nucleic Acids Research)發表論文,題為“一個升級版的低通量實驗驗證功能性長非編碼RNA數據庫EVLncRNAs 2.0” (EVLncRNAs 2.0: an updated database of manually curated functional long non-coding RNAs validated by low-throughput experiments) 。該研究創建了一個升級版實驗驗證綜合長非編碼RNA數據庫,包含了124個物種、1082種疾病等相關的4010個實驗證實的功能性長非編碼RNA,并研究了長非編碼RNA的物種分布、與癌癥和其他疾病的關系,以及與其他生物大分子的相互作用信息等,對長非編碼RNA特征提取、預測器發展和新功能認識具有重要意義。
王吉華教授為該論文通訊作者。第一作者是青年教師周百靈博士,季保華副教授為文章并列第一作者。澳大利亞格里菲斯大學周耀旗教授是共同通訊作者。
長非編碼RNA是當前生命科學前沿研究熱點,在表觀遺傳調控、細胞周期調控和細胞分化調控等眾多生命活動中發揮重要作用,具有重要的生物功能,與癌癥、老年癡呆、自閉癥等人類許多重要疾病的發生、發展密切相關,對生命過程和疾病的機理研究至關重要,對疾病新的生物標記物和藥物靶點的發現具有重要實際意義。
功能性長非編碼RNA數據庫是全面深入開展長非編碼RNA研究的重要基礎。王吉華教授帶領團隊于2018年在該期刊發表了實驗驗證綜合長非編碼RNA數據庫EVLncRNAs 1.0。自EVLncRNAs 1.0發表以來,已被中國、美國、德國、英國、法國、意大利、澳大利亞、巴西、日本、韓國等60多個國家的研究工作者訪問了10000多次,論文被國際權威期刊引用40多次,EVLncRNAs被美國科學家Bandrowski和法國科學家Arnaud Desfeux建設的組學航母在線收錄。
EVLncRNAs 2.0是EVLncRNAs 1.0數據庫的升級版。王吉華教授組織了三十多人組成的研究團隊,經過三年多潛心研究,與國內外學者合作,綜合運用多種手段持續不斷挖掘功能性長非編碼RNA,并對長非編碼RNA的新特征、新功能等進行分析研究,不斷豐富和發展數據庫的內容、功能和各種信息并最終完成。
該綜合數據庫收錄了來源于124個物種的4010個長非編碼RNA,并提供了每個長非編碼RNA的基本信息、功能信息、相關疾病信息、與其他生物大分子的相互作用信息等,還新提供了結構信息、編碼小肽的信息、外泌體相關信息、環形RNA信息和對藥物、化學物質等的抗性信息,構建了長非編碼RNA與其他生物大分子、疾病的交互式相互作用網絡。這些全面可靠的數據信息,對長非編碼RNA特征提取、預測方法發展和新功能認識,乃至重大疾病和精準醫療的研究具有重要意義。
生物物理省重點實驗室扈國棟、王菲、陳清帥、劉奎、于茹、黃平平、任景等青年教師以及中山大學楊躍東教授、趙慧英研究員也參與了相關研究工作。該研究成果得到了國家自然科學基金項目等多項課題的資助。
EVLncRNAs 2.0數據庫界面
(通訊員:馬曉敏)